¿Toda operación exenta realizada por un empresario o profesional tiene efecto inmediato en la aplicación de la regla de prorrata?

No. La regla de redondeo a la unidad superior que contiene el artículo 104.Dos de la Ley del IVA permite que, para operaciones exentas de pequeño importe, el porcentaje de prorrata sea del 100 %. Dicho efecto se produce con cualquier porcentaje superior a 99,01.